राष्ट्रीय स्वच्छ गंगा मिशन (एनएमसीजी) को सोसायटी पंजीकरण अधिनियम 1860 के तहत 12 अगस्त 2011 को एक सोसायटी के रूप में पंजीकृत किया गया था। इसने राष्ट्रीय गंगा नदी बेसिन प्राधिकरण (एनजीआरबीए) की कार्यान्वयन शाखा के रूप में कार्य किया, जिसका गठन पर्यावरण (संरक्षण) अधिनियम (ईपीए), 1986 के प्रावधानों के तहत किया गया था। एनजीआरबीए को 7 अक्टूबर 2016 से भंग कर दिया गया है, जिसके परिणामस्वरूप राष्ट्रीय गंगा नदी कायाकल्प, संरक्षण और प्रबंधन परिषद (राष्ट्रीय गंगा परिषद के रूप में संदर्भित) के गठन के परिणामस्वरूप अधिसूचना संख्या एसओ 3187(ई) दि.7 अक्टूबर 2016 ईपीए 1986 (पीडीएफ 1 एमबी) के तहत . >> (संशोधन) आदेश, 2 सितंबर 2019 (पीडीएफ 337केबी) एस.ओ. 3845(ई) दिनांक ईपीए 1986 के तहत 22 अगस्त 2025 (पीडीएफ 1 एमबी)

अधिनियम में गंगा नदी में पर्यावरणीय प्रदूषण की रोकथाम, नियंत्रण और उपशमन के उपाय करने और पानी के निरंतर पर्याप्त प्रवाह को सुनिश्चित करने के लिए राष्ट्रीय, राज्य और जिला स्तर पर पांच स्तरीय संरचना की परिकल्पना की गई है ताकि गंगा नदी को निम्नानुसार पुनर्जीवित किया जा सके;

1. माननीय प्रधान मंत्री की अध्यक्षता में राष्ट्रीय गंगा परिषद।
2. माननीय केंद्रीय जल शक्ति मंत्री (जल संसाधन, नदी विकास और गंगा संरक्षण विभाग) की अध्यक्षता में गंगा नदी पर अधिकार प्राप्त टास्क फोर्स (ईटीएफ)।
3. राष्ट्रीय स्वच्छ गंगा मिशन (एनएमसीजी)
4. राज्य गंगा समितियाँ और
5. राज्यों में गंगा नदी और उसकी सहायक नदियों से सटे प्रत्येक निर्दिष्ट जिले में जिला गंगा समितियां।

    एनएमसीजी की दो स्तरीय प्रबंधन संरचना है और इसमें शासी परिषद और कार्यकारी समिति शामिल है। इन दोनों का नेतृत्व एनएमसीजी के महानिदेशक कर रहे हैं। कार्यकारी समिति को 1000 करोड़ रुपये तक की सभी परियोजनाओं के लिए अनुमोदन देने के लिए अधिकृत किया गया है। राष्ट्रीय स्तर पर संरचना के समान, राज्य कार्यक्रम प्रबंधन समूह (एसपीएमजी) राज्य गंगा समितियों की कार्यान्वयन शाखा के रूप में कार्य करते हैं। इस प्रकार नव निर्मित संरचना गंगा सफाई और कायाकल्प के कार्य की दिशा में समग्र दृष्टिकोण अपनाने के लिए सभी हितधारकों को एक मंच पर लाने का प्रयास करती है।

     एनएमसीजी के महानिदेशक (डीजी) भारत सरकार में अपर सचिव हैं। एनएमसीजी के समग्र पर्यवेक्षण के तहत परियोजनाओं के प्रभावी कार्यान्वयन के लिए, राज्य स्तरीय कार्यक्रम प्रबंधन समूह (एसपीएमजी) का नेतृत्व संबंधित राज्यों के वरिष्ठ अधिकारियों द्वारा भी किया जाता है।
उपनियम || राजपत्र अधिसूचना - गंगा नदी (कायाकल्प, संरक्षण और प्रबंधन) प्राधिकरण आदेश, 2016 || (संशोधन) आदेश, 2 सितंबर 2019